在熹宗初年，“东林势盛”的时期，东林党“清算”众邪党的罪行，虽然大都符合实际，但也有出于门户之隙的渲染夸张之处，许多人抱着除恶务尽，与对手势不两立的决绝态度。这无疑有些感情用事，缺乏成熟的政治斗争经验，同时这也将大量的精力浪费在了党争之上，而并没有实施多少富国强兵的政策。此外，客观地看，明末的士大夫也不乏中间派官员，他们应该成为政治斗争中争取和团结的对象，一味的打压只能使他们投奔正在兴起的魏忠贤集团。魏忠贤集团的兴起和对东林人残酷的迫害，并没能使东林人吸取教训，在阉党倒台后又一次重蹈覆辙，将党争凌驾于整理政务之上，而当时明王朝面对的内忧外患已是更加严重了。甚至到了南明时期，党争依然没有偃旗息鼓的样子，当然其中有得势的马士英等人挑衅的因素，但东林党人也的确没有高明的政治手腕来予以反击，反而是朝廷风气益加恶化。换句话说，东林党人没有抓住当时社会的主要矛盾，没能搞好统一战线，集中精力解决主要问题。例如，崇祯二年清算阉党，在钦定的《逆案》中，阮大铖列名“结交近侍又次等”，属于阉党的边缘，并非首逆巨恶。但复社文人在他失势之时摧辱太甚，致其在南明时大肆迫害复社文人。马士英是一般东林人认为的阉党余孽。“一日，阁中语及故庶吉士张溥，士英曰：‘我故人也，死，酹而哭之。’姜曰广笑曰：‘公哭东林者，亦东林耶？’士英曰：‘我非畔东林者，东林拒我耳。’”当然，这些都并不是说东林党人要姑息养奸，只是应该注意斗争的策略和方法，在政治上更游刃有余。